मिशन प्रौद्योगिकी अनुसंधान परिषद (एमटीआरसी) एनक्यूएम के लिए वैज्ञानिक सलाहकार निकाय के रूप में कार्य करती है, जो अनुसंधान प्राथमिकताओं और तकनीकी प्रगति पर मार्गदर्शन प्रदान करती है। यह भारत सरकार के प्रधान वैज्ञानिक सलाहकार के नेतृत्व में काम करती है। एमटीआरसी मिशन समन्वय प्रकोष्ठ (एमसीसी) की देखरेख करती है और मिशन के तहत वित्तपोषण के प्रस्तावों के मूल्यांकन में महत्वपूर्ण भूमिका निर्वाह कर रही है। विशेषज्ञ अंतर्दृष्टि प्रदान करके, एमटीआरसी यह सुनिश्चित करती है कि मिशन की अनुसंधान और विकास गतिविधियाँ वैज्ञानिक दृढ़ता और प्रासंगिकता बनाए रखें।