आईआईटी कानपुर में एक समर्पित मिशन समन्वय प्रकोष्ठ (एमसीसी) की स्थापना की गई है। एमसीसी राष्ट्रीय क्वांटम मिशन के अंतर्गत गतिविधियों को सुगम बनाता है और मिशन के उद्देश्यों को पूर्ण करने के लिए विभिन्न हितधारकों के बीच निर्बाध सहयोग सुनिश्चित करता है। एमसीसी थेमेटिक हब्स को मंत्रालयों, राष्ट्रीय एजेंसियों, उद्योगों, विषय विशेषज्ञों और मिशन के अन्य हितधारकों और लाभार्थियों से जोड़ता है, प्रभावी पर्यवेक्षण को सक्षम बनाता है, जबकि एनक्यूएम को डिजिटल इंडिया, मेक इन इंडिया, स्किल इंडिया, स्टार्ट-अप इंडिया, आत्मनिर्भर भारत जैसी अन्य राष्ट्रीय पहलों और अंतर्विषयक साइबर भौतिक प्रणालियों पर राष्ट्रीय मिशन (एनएम-आईसीपीएस) और राष्ट्रीय सुपर कंप्यूटिंग मिशन (एनएससीएम) जैसे मिशनों से जोड़ता है।