मिशन सेक्रेट्रिएट विज्ञान और प्रौद्योगिकी विभाग (डीएसटी) के अधीन कार्य करता है और एनक्यूएम के प्रशासनिक और परिचालन पहलुओं के लिए जिम्मेदार है। यह मिशन के उद्देश्यों को पूरा करने के लिए सरकारी एजेंसियों, शोध संस्थानों और उद्योग भागीदारों सहित विभिन्न हितधारकों के साथ समन्वय करता है।